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- Semillero de investigación Ciencias Quirúrgicas (SSIG-PUJ Cali)
- Semillero de Investigación Civitas Cura
- Semillero de investigación CREISPUJ
- Semillero de Investigación e Innovación en Alimentación y Nutrición (SEIAN)
- Semillero de Investigación en Gastronomía y Salud SIGS
- SEMILLERO DE INVESTIGACION EN MEDICINA INTERNA (SIMI)
- Semillero de Investigación en Medicina Preventiva y Educación Médica - SIMPEM
- Semillero de investigación en Nutrición Clínica y Deportiva SINCYD
- Semillero de Investigacion Obstetrics and Gynecology- OBGYN
- Semillero de Investigación Para el Cuidado Integral Humano (SIPCIH)
- Semillero de investigación PEDIATRÍA DE LA PONTIFICIA UNIVERSIDAD JAVERIANA CALI. ¨SIPED-PUJ
- Semillero de Investigación y Educación en Genómica Humana- SIEGH
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- Semillero de Investigación en Negocios Internacionales
- Semillero de investigación Observatorio de Monitoreo a la Actividad Económica (IMAE)
- Semillero de investigación Pensamiento y Práxis
- Semillero de Investigación Psicología y Comportamiento del Consumidor
- Semillero de Procesamiento y Análisis de Datos en Economía (SPADE)
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- Semillero de Investigacción Consultorio del Hábitat: estudios sobre vivienda y comunidad
- Semillero de investigación Arte y tecnología
- Semillero de investigación Estudios del Hábitat
- Semillero de investigación SINÁPSIS
- Semillero de investigación Teoría e Historia de la Arquitectura
- Semillero de Investigación Teoría e Historia de la Arquitectura colombiana
- Semillero de Investigación Tulpa
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- Grupo de investigación Bienestar,Trabajo, Cultura y Sociedad (BITACUS)
- Grupo de investigación Comunicación y Lenguajes
- Grupo de investigación De Humanitate
- Grupo de investigación Desarrollo cognitivo, aprendizaje y enseñanza (DCAE)
- Grupo de investigación Salud y Calidad de Vida (SYCV)
- Grupo de investigación Sociedad, Estado, Instituciones y Derecho (SEID)
- Semilleros de Investigación
- Semillero de investigación Awamuy
- Semillero de Investigación Bienestar, Trabajo y Organizaciones
- Semillero de investigación D.I.T LAB. Laboratorio de innovación legal.
- Semillero de investigación Derecho a la comunicación
- Semillero de investigación Diálogo de saberes y estéticas
- Semillero de Investigación en Fenomenología
- Semillero de investigación Estética
- Semillero de investigación Interacciones Educativas
- Semillero de Investigación Interseccionalidad e Inclusión
- Semillero de investigación Memoria y Ruralidades
- Semillero de investigación Neurotrópicos
- Semillero de investigación Parentalidad, vulnerabilidad social y convivencia social
- Semillero de investigación Perspectiva crítica del derecho
- Semillero de investigación Problemas filosóficos contemporáneos
- Semillero de investigación PsicoSalud
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- Grupo de investigación Ambientes Visuales de Programación Aplicativa (AVISPA)
- Grupo de investigación Automática y Robótica (GAR)
- Grupo de investigación Conservación y Biotecnología
- Grupo de investigación DESTINO
- Grupo de investigación Detección de Contaminantes y Remediación (DECOR)
- Grupo de investigación Ecología de Arrecifes Coralinos
- Grupo de investigación Estadística y Matemática Aplicada (EMAP)
- Grupo de investigación Ingeniería Sísmica y Materiales (SIGMA)
- Grupo de investigación Modelamiento y gestión de operaciones (MGO)
- Semilleros de Investigación
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- Semillero de investigación BIOPHOTONICS
- Semillero de Investigación de Logística y Transporte (SILOGYT).
- Semillero de investigación Desarrollo de Aplicaciones Biomédicas
- Semillero de investigación Ecología Evolutiva del Desarrollo
- Semillero de investigación Ecorquideas
- Semillero de Investigación en Infraestructura y movilidad intermodal sostenible
- Semillero de Investigación en Ingeniería de Software Aplicada
- Semillero de investigación en Ingeniería Mecánica y Sostenibilidad (SIMS)
- Semillero de investigación Geotecnia y Ambiente (GEAM)
- Semillero de investigación Gestión de Obras
- Semillero de investigación Korallion
- Semillero de investigación Materiales de Construcción MATCON
- Semillero de investigación MIRAVE
- Semillero de investigacion Mutualismos y Servicios Ecosistémicos en el Neotrópico
- Semillero de investigación Problemas en Computación.
- Semillero de investigación SEDEE
- Semillero de Investigación SMARTIC
- Semillero de investigación Statistics & Data Analytics (SDA)
- Semillero de investigación Tecnologías para un mundo sostenible
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- Estudios del discurso e Interacción en el cuidado de enfermería (SEDICE)
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