Helicobacter pylori Infection in Colombia: Phylogeny, Resistome, and Virulome

Helicobacter pylori es un agente gástrico etiológico exitoso que alcanza una prevalencia cercana al 80% en Colombia. Esta bacteria es extremadamente diversa y ha mostrado un patrón filogeográfico. El objetivo de este estudio fue realizar un análisis de la epidemiología genómica de H. pylori en Colombia. Enriquecimos nuestro conjunto de 29 genomas colombianos de H. pylori recientemente secuenciados con datos adicionales de bases de datos públicas, alcanzando un total de 221 genomas en nuestro conjunto de datos. La caracterización filogenética se realizó mediante MLST y análisis de SNP de genoma completo. También realizamos una caracterización de la diversidad de factores de virulencia y mutaciones asociadas con la resistencia a los antimicrobianos. Los análisis filogenéticos mostraron dos nuevos casos colombianos de H. pylori. Además, se encontraron muchas combinaciones de genotipos de virulencia, se encontraron mutaciones asociadas con resistencia para todos los antibióticos estudiados, destacando que el 14,4% de los genomas presentaron perfiles asociados con resistencia a más de una familia de antibióticos. Nuestros análisis describieron la genómica de H. pylori colombiano y verificaron la presencia de un grupo poblacional formado exclusivamente por aislados colombianos. Demostramos la gran diversidad entre los aislados y que el análisis mediante genómica comparativa de H. pylori constituye una herramienta valiosa para evaluar su diversidad, virulencia y resistencia.