Estudio conformacional de la estabilidad mecánica de ubiquitina usando dinámica molecular.

Una comparación directa entre experimentos de estiramiento de ¿molécula-única¿ con los resultados de Dinámica Molecular (DM) de procesos de desplegamiento de proteínas por fuerzas externas ha sido muy difícil debido a la disparidad en las escalas de tiempo. A velocidades altas, típicas en DM, las proteínas se pueden desplegar por mecanismos diferentes a aquellos que operan en estudios experimentales, i. e. Microscopía de Fuerza Atómica (MFA) y Pinzas ópticas (Optical Tweezers). Recientemente se han desarrollado varias aproximaciones para extrapolar datos provenientes de experimentos de ¿molécula-única¿ a velocidades de estiramiento bajas. Aproximaciones similares se pueden utilizar en simulación, pero el hecho de que exigen promediar sobre un gran número de trayectorias de ¿molécula-única¿, hacen de este artificio un proceso muy costoso desde el punto de vista computacional. Con el fin de evitar estas dificultades se propone investigar el desplegamiento de Ubiquitina por fuerzas mecánicas externas, mediante el uso de un protocolo de simulación independiente de la velocidad: La técnica ¿pull and wait¿ PNW.