Johan Andrés Nieto se encuentra vinculado a la Pontificia Universidad Javeriana desde el año 2024 y actualmente es profesor asistente del Departamento de Teología. Es director y editor jefe de la Oficina de Publicaciones de la Facultad de Teología. También es el Editor de la Revista Theologica Xaveriana. Desarrolla labores de docencia en los programas académicos de la facultad y de investigación en el campo de la mistagogía, la pedagogía de la teología y el método teológico anagógico.

Ha desarrollado diversas invesigaciones en temas de Teología, educación, desarrollo humano, educación popular y metodología de la investigación. 

Así mismo, se ha desempeñado como par académico de MinCiencias y del Ministerio de Educación. Evaluador de diferentes publicaciones científicas en el ámbito nacional e internacional. Asesor teológico en temas eclesiásticos, formación sacerdotal, religiosa y laical. 

Los principales intereses de investigación incluyen: la mistagogía como pedagogía de la teología, liturgia y sacramentalidad, formación del laicado, educación popular, desarrollo humano, narratividad y metodología de la investigación.

El profesor ha publicado a lo largo de los años un número considerable de artículos, libros y capítulos de libro originales (con más de 1010 citas) en revistas internacionales revisadas por pares de gra reputación. 

El profesor es revisor de revistas Scopus, WOS, Publindex y presentes en otras bases de indexación, en los temas de teología, sacramentología, pedagogía de la teología, mistagogía, padres de la Iglesia, educación popular, didáctica, desarrollo humano, método narrativo y metodología de la investigación.