Juan Pájaro está vinculado a la Pontificia Universidad Javeriana desde 2024 y actualmente se desempeña como profesor instructor en el Departamento de Epidemiología y Bioestadística. Su labor académica incluye la docencia en la Facultad de Medicina y la investigación en inteligencia artificial, procesamiento del lenguaje natural y aprendizaje profundo aplicado a la salud.

Ha desarrollado diversas investigaciones en el diseño de modelos de aprendizaje automático aplicados a los sectores de la salud, las finanzas y los hidrocarburos. Además, ha sido líder de consultoría en el Centro de Excelencia y Apropiación en Big Data y Data Analytics. También ha trabajado como consultor para Cuenta de Alto Costo y varias EPS en temas de apropiación digital y ciencia de datos.

Sus principales áreas de interés en investigación incluyen la investigación científica basada en el diseño, la inteligencia artificial y el desarrollo de algoritmos para mejorar la toma de decisiones en el diagnóstico, el pronóstico de enfermedades y la selección de tratamientos.