Diego Agudelo Grajales se encuentra vinculado a la Pontificia Universidad Javeriana como profesor Planta desde el 01 de Octubre de 1999 y actualmente es profesor titular del Departamento de Humanidades de la Facultad de Humanidades y Ciencias . Desarrolla labores docencia en todos los programas desde la asignatura de Ética institucionales y especialmente en el programa de Filosofía con la asignatura de Historia de la Filosofía. También en la asignatura de Ética y Responsabilidad Social en los postgrados.

Ha desarrollado investigaciones relacionadas con la teología, la educación, la familia, la ética y la integridad científica, entre otros. Ha sido director del Departamento de Humanidades desde el 15 de abril de 2016 hasta el 25 de abril de 2025. Actualmente tiene la dirección del grupo de Investigación De Humanitate.

Ha publicado artículos de investigación en revistas indexadas nacionales e internacionales de alto impacto, capítulos de libros y libros de investigación relacionados con los temas de interés. Pertenece a diferentes redes nacionales e internacionales relacionadas con la ética, la teología entre las que se destaca la red Catholic Theological Ethics in the World Church (CTEWC).

Desde el 08 de abril de 2024 fue designado por el rector en la responsabilidad de ser el presidente del Comité de Ética de la Investigación Institucional de la Pontificia Universidad Javeriana. Seccional Cali.