Carlos Del Cairo se encuentra vinculado a la Pontificia Universidad Javeriana desde el año 2003 y actualmente es profesor titular del Departamento de Antropología. Su experiencia como profesor universitario a nivel de pregrado y postgrado ha girado en torno a las teorías antropológicas, los métodos cualitativos de investigación y las relaciones sociedad-naturaleza. Su área de especialización es la intersección entre la ecología política y las dinámicas socioambientales con poblaciones campesinas e indígenas, principalmente en la región amazónica colombiana.

Ha sido director de la Carrera de Antropología (2004-2006 y 2012-2014), y del Departamento de Antropología (2014-2017). Ha editado tres libros: "Topografías de la investigación social con incidencia territorial" (con Daniel Ortiz-Gallego y Jefferson Jaramillo, Editorial PUJ-en prensa), "Humanos, más que humanos y no humanos. Intersecciones críticas en torno a la antropología y las ontologías" (con Daniel Ruíz-Serna, Editorial PUJ, 2023) y "Perspectivas antropológicas sobre la Amazonia contemporánea" (con Margarita Chaves, ICANH-Editorial PUJ, 2010). También es autor o co-autor de más de treinta artículos que abordan un rango amplio de temáticas principalmente relacionadas con dinámicas socioambientales en la Amazonia colombiana. 

En su trayectoria docente también ha orientado clases en la Universidad de Caldas, la Universidad de los Andes, la Universidad del Rosario, la Universidad del Cauca y la Universidad Tecnológica de Bolívar. También ha sido evaluador de artículos para varias revistas nacionales e internacionales como Maguaré, Revista Colombiana de Antropología, Conservation and Society, Perspectives in Ecology and Conservation, Boletín de Antropología, Historia Crítica, International Journal of Water Resources, Fronteras de la Historia, Revista de Estudios Sociales, Critique of Anthropology, Antropologías del Sur, Geoforum, Latin American Research Review y American Anthropologist, entre otras.