Andres Jaramillo Botero

2025

Nanoparticle-based colorimetric assays for early and rapid screening of the oncogenic HPV variants 16 and 18

Navarro Chica, C. E., Alfonso Tobón, L. L., López Abella, J. J., Valencia Piedrahita, M. P., Neira Acevedo, D., Bermúdez, P. C., Arrivillaga, M. & Jaramillo-Botero, A., 15 feb. 2025, En: Clinica Chimica Acta. 568, 120144.

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Acceso abierto

Performance assessment of disposable carbon-based immunosensors for the detection of SARS-CoV-2 infections

Agudelo, O. L., Reyes-Loaiza, V., Giraldo-Parra, L., Rosales-Chilama, M., Perdomo, S., Gómez, M. A., Rodriguez, J. W., Ortega, V., Daza Rivera, C. F., Galindo, D., Valencia, D. P., Quimbaya, M., Plata, S., Bogdanowicz, R., Rosso, F. & Jaramillo-Botero, A., dic. 2025, En: Scientific Reports. 15, 1, 7741.

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Acceso abierto

The state of food composition databases: data attributes and FAIR data harmonization in the era of digital innovation

Brinkley, S., Gallo-Franco, J. J., Vázquez-Manjarrez, N., Chaura, J., Quartey, N. K. A., Toulabi, S. B., Odenkirk, M. T., Jermendi, E., Laporte, M. A., Lutterodt, H. E., Annan, R. A., Barboza, M., Amare, E., Srichamnong, W., Jaramillo-Botero, A., Kennedy, G., Bertoldo, J., Prenni, J. E., Rajasekharan, M. & de la Parra, J. y 1 otros, Ahmed, S., 2025, En: Frontiers in Nutrition. 12, 1552367.

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Acceso abierto

2024

Advancing abiotic stress monitoring in plants with a wearable non-destructive real-time salicylic acid laser-induced-graphene sensor

Perdomo, S. A., Valencia, D. P., Velez, G. E. & Jaramillo-Botero, A., 01 jul. 2024, En: Biosensors and Bioelectronics. 255, 116261.

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8 Citas (Scopus)

Laser-induced graphene electrochemical sensor for quantitative detection of phytotoxic aluminum ions (Al³⁺) in soils extracts

Reyes-Loaiza, V., De La Roche, J., Hernandez-Renjifo, E., Idárraga, O., Da Silva, M., Valencia, D. P., Ghneim-Herrera, T. & Jaramillo-Botero, A., 08 mar. 2024, En: Scientific Reports. 14, 1, 5772.

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9 Citas (Scopus)

Reaction-Free Energies for Complexation of Carbohydrates by Tweezer Diboronic Acids

Lara-Cruz, G. A., Rose, T., Grimme, S. & Jaramillo-Botero, A., 2024, (Aceptada/en prensa) En: Journal of Physical Chemistry B.

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2023

Au-NP-based colorimetric assay for sugar detection and quantification

Jimenez, M. J., Jaramillo-Botero, A. & Avila, A., dic. 2023, En: Sensors and Actuators Reports. 6, 100171.

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6 Citas (Scopus)

Characterization of Rice Yield Based on Biomass and SPAD-Based Leaf Nitrogen for Large Genotype Plots

Duque, A. F., Patino, D., Colorado, J. D., Petro, E., Rebolledo, M. C., Mondragon, I. F., Espinosa, N., Amezquita, N., Puentes, O. D., Mendez, D. & Jaramillo-Botero, A., jul. 2023, En: Sensors. 23, 13, 5917.

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8 Citas (Scopus)

Effect of Salts on the Formation and Hypervelocity-Induced Fragmentation of Icy Clusters with Embedded Amino Acids

Schulze, J. A., Yilmaz, D. E., Cable, M. L., Malaska, M., Hofmann, A. E., Hodyss, R. P., Lunine, J. I., van Duin, A. C. T. & Jaramillo-Botero, A., 19 ene. 2023, En: ACS Earth and Space Chemistry. 7, 1, p. 168-181 14 p.

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6 Citas (Scopus)

Enhancing Multifunctionality: Optimal Properties of Iron-Oxide-Reinforced Polyvinylidene Difluoride Unveiled Through Full Atom Molecular Dynamics Simulations

Bedoui, F., Sahihi, M., Jaramillo-Botero, A. & Goddard, W. A., 2023, (Aceptada/en prensa) En: Langmuir.

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1 Cita (Scopus)

Influence of lasing parameters on the morphology and electrical resistance of polyimide-based laser-induced graphene (LIG)

de la Roche, J., López-Cifuentes, I. & Jaramillo-Botero, A., mar. 2023, En: Carbon Letters. 33, 2, p. 587-595 9 p.

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38 Citas (Scopus)

Nanoparticle size and surface chemistry effects on mechanical and physical properties of nano-reinforced polymers: The case of PVDF-Fe₃O₄ nano-composites

Navarro Oliva, F. S., Sahihi, M., Lenglet, L., Ospina, A., Guenin, E., Jaramillo-Botero, A., Goddard, W. A. & Bedoui, F., ene. 2023, En: Polymer Testing. 117, 107851.

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24 Citas (Scopus)

Non-invasive in-vivo glucose-based stress monitoring in plants

Perdomo, S. A., De la Paz, E., Del Caño, R., Seker, S., Saha, T., Wang, J. & Jaramillo-Botero, A., 01 jul. 2023, En: Biosensors and Bioelectronics. 231, 115300.

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19 Citas (Scopus)

Predicted Three-Dimensional Structure of the GCR1 Putative GPCR in Arabidopsis thaliana and Its Binding to Abscisic Acid and Gibberellin A1

Hernández, P. M., Arango, C. A., Kim, S. K., Jaramillo-Botero, A. & Goddard, W. A., 12 abr. 2023, En: Journal of Agricultural and Food Chemistry. 71, 14, p. 5770-5782 13 p.

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4 Citas (Scopus)

2022

Electrochemical modified electrode with bismuth film for ultrasensitive determination of aluminum (iii)

Camila Ayala, M., Lorena López, L., Jaramillo-Botero, A. & Valencia, D., 15 ago. 2022, En: Journal of Electroanalytical Chemistry. 919, 116552.

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11 Citas (Scopus)

Performance of electrochemical immunoassays for clinical diagnostics of SARS-CoV-2 based on selective nucleocapsid N protein detection: Boron-doped diamond, gold and glassy carbon evaluation

Białobrzeska, W., Ficek, M., Dec, B., Osella, S., Trzaskowski, B., Jaramillo-Botero, A., Pierpaoli, M., Rycewicz, M., Dashkevich, Y., Łęga, T., Malinowska, N., Cebula, Z., Bigus, D., Firganek, D., Bięga, E., Dziąbowska, K., Brodowski, M., Kowalski, M., Panasiuk, M. & Gromadzka, B. y 5 otros, Żołędowska, S., Nidzworski, D., Pyrć, K., Goddard, W. A. & Bogdanowicz, R., 01 ago. 2022, En: Biosensors and Bioelectronics. 209, 114222.

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37 Citas (Scopus)

The ÓMICAS alliance, an international research program on multi-omics for crop breeding optimization

Jaramillo-Botero, A., Colorado, J., Quimbaya, M., Rebolledo, M. C., Lorieux, M., Ghneim-Herrera, T., Arango, C. A., Tobón, L. E., Finke, J., Rocha, C., Muñoz, F., Riascos, J. J., Silva, F., Chirinda, N., Caccamo, M., Vandepoele, K. & Goddard, W. A., 10 oct. 2022, En: Frontiers in Plant Science. 13, 20 p., 992663.

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5 Citas (Scopus)

2021

Coarse-grained force-field for large scale molecular dynamics simulations of polyacrylamide and polyacrylamide-gels based on quantum mechanics

Zheng, M., Jaramillo-Botero, A., Ju, X. H. & Goddard, W. A., 14 may. 2021, En: Physical Chemistry Chemical Physics. 23, 18, p. 10909-10918 10 p.

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4 Citas (Scopus)

Focus on the deformation mechanism at the interfacial layer in nano-reinforced polymers: A molecular dynamics study of silica - poly(methyl methacrylate) nano-composite

Bedoui, F., Jaramillo-Botero, A., Pascal, T. A. & Goddard, W. A., ago. 2021, En: Mechanics of Materials. 159, 103903.

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7 Citas (Scopus)

Four-terminal graphene nanoribbon sensor devices: In-silico design and characterization

Marmolejo-Tejada, J. M. & Jaramillo-Botero, A., ago. 2021, En: Computational Materials Science. 196, 110506.

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1 Cita (Scopus)

Interfacial Interactions in a Model Composite Material: Insights into α → β Phase Transition of the Magnetite Reinforced Poly(Vinylidene Fluoride) Systems by All-Atom Molecular Dynamics Simulation

Sahihi, M., Jaramillo-Botero, A., Goddard, W. A. & Bedoui, F., 07 oct. 2021, En: Journal of Physical Chemistry C. 125, 39, p. 21635-21644 10 p.

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17 Citas (Scopus)

SenSARS: A Low-Cost Portable Electrochemical System for Ultra-Sensitive, near Real-Time, Diagnostics of SARS-CoV-2 Infections

Perdomo, S. A., Ortega, V., Jaramillo-Botero, A., Mancilla, N., Mosquera-Delacruz, J. H., Valencia, D. P., Quimbaya, M., Contreras, J. D., Velez, G. E., Loaiza, O. A., Gomez, A. & De La Roche, J., 2021, En: IEEE Transactions on Instrumentation and Measurement. 70

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21 Citas (Scopus)

Understanding Hypervelocity Sampling of Biosignatures in Space Missions

Jaramillo-Botero, A., Cable, M. L., Hofmann, A. E., Malaska, M., Hodyss, R. & Lunine, J., abr. 2021, En: Astrobiology. 21, 4, p. 421-442 22 p.

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36 Citas (Scopus)

Understanding the Origin of Enhanced Piezoelectric Response in PVDF Matrices with Embedded ZnO Nanoparticles, from Polarizable Molecular Dynamics Simulations

Marmolejo-Tejada, J. M., De La Roche-Yepes, J., Pérez-López, C. A., Taborda, J. A. P., Ávila, A. & Jaramillo-Botero, A., 27 sep. 2021, En: Journal of Chemical Information and Modeling. 61, 9, p. 4537-4543 7 p.

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13 Citas (Scopus)

ZnO/PDMS nanocomposite generator: Interphase influence in the nanocomposite electro-mechanical properties and output voltage

Perez-Lopez, C. A., Perez-Taborda, J. A., Labre, C., Marmolejo-Tejada, J. M., Jaramillo-Botero, A. & Avila, A., nov. 2021, En: Energy Reports. 7, p. 896-903 8 p.

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11 Citas (Scopus)

2020

A novel NIR-image segmentation method for the precise estimation of above-ground biomass in rice crops

Colorado, J. D., Calderon, F., Mendez, D., Petro, E., Rojas, J. P., Correa, E. S., Mondragon, I. F., Rebolledo, M. C. & Jaramillo-Botero, A., oct. 2020, En: PLoS ONE. 15, 10 October, e0239591.

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19 Citas (Scopus)

Effect of surface oxidation on the electronic transport properties of phosphorene gas sensors: A computational study

Marmolejo-Tejada, J. M. & Jaramillo-Botero, A., feb. 2020, En: RSC Advances. 10, 12, p. 6893-6899 7 p.

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7 Citas (Scopus)

Estimation of nitrogen in rice crops from UAV-captured images

Colorado, J. D., Cera-Bornacelli, N., Caldas, J. S., Petro, E., Rebolledo, M. C., Cuellar, D., Calderon, F., Mondragon, I. F. & Jaramillo-Botero, A., 02 oct. 2020, En: Remote Sensing. 12, 20, p. 1-31 31 p., 3396.

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33 Citas (Scopus)

2019

All-Armchair Graphene Nanoribbon Field-Effect Uridine Diphosphate Glucose Sensor: First-Principles In-Silico Design and Characterization

Jaramillo-Botero, A. & Marmolejo-Tejada, J. M., 01 jun. 2019, En: IEEE Sensors Journal. 19, 11, p. 3975-3983 9 p., 8630832.

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15 Citas (Scopus)

Growth and Isolation of Large Area Boron-Doped Nanocrystalline Diamond Sheets: A Route toward Diamond-on-Graphene Heterojunction

Bogdanowicz, R., Ficek, M., Sobaszek, M., Nosek, A., Gołuński, Karczewski, J., Jaramillo-Botero, A., Goddard, W. A., Bockrath, M. & Ossowski, T., 17 ene. 2019, En: Advanced Functional Materials. 29, 3, 1805242.

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Acceso abierto

26 Citas (Scopus)

Ligand-modified boron-doped diamond surface: DFT insights into the electronic properties of biofunctionalization

Dec, B., Sobaszek, M., Jaramillo-Botero, A., Goddard, W. A. & Bogdanowicz, R., 01 sep. 2019, En: Materials. 12, 18, 2910.

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5 Citas (Scopus)

Partially-oxidized phosphorene sensor for the detection of sub-nano molar concentrations of nitric oxide: A first-principles study

Marmolejo-Tejada, J. M. & Jaramillo-Botero, A., 2019, En: Physical Chemistry Chemical Physics. 21, 35, p. 19083-19091 9 p.

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7 Citas (Scopus)

2018

Predicted detonation properties at the Chapman-Jouguet state for proposed energetic materials (MTO and MTO3N) from combined ReaxFF and quantum mechanics reactive dynamics

Zhou, T., Zybin, S. V., Goddard, W. A., Cheng, T., Naserifar, S., Jaramillo-Botero, A. & Huang, F., 2018, En: Physical Chemistry Chemical Physics. 20, 6, p. 3953-3969 17 p.

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27 Citas (Scopus)

2017

A rapid-response ultrasensitive biosensor for influenza virus detection using antibody modified boron-doped diamond

Nidzworski, D., Siuzdak, K., Niedziałkowski, P., Bogdanowicz, R., Sobaszek, M., Ryl, J., Weiher, P., Sawczak, M., Wnuk, E., Goddard, W. A., Jaramillo-Botero, A. & Ossowski, T., 01 dic. 2017, En: Scientific Reports. 7, 1, 15707.

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113 Citas (Scopus)

Reactive Molecular Dynamics Simulations to Understand Mechanical Response of Thaumasite under Temperature and Strain Rate Effects

Hajilar, S., Shafei, B., Cheng, T. & Jaramillo-Botero, A., 22 jun. 2017, En: Journal of Physical Chemistry A. 121, 24, p. 4688-4697 10 p.

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10 Citas (Scopus)

Thermodynamic Simulation of the RDX-Aluminum Interface Using ReaxFF Molecular Dynamics

Wang, N., Peng, J., Pang, A., He, T., Du, F. & Jaramillo-Botero, A., 13 jul. 2017, En: Journal of Physical Chemistry C. 121, 27, p. 14597-14610 14 p.

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57 Citas (Scopus)

2015

Non-adiabatic dynamics modeling framework for materials in extreme conditions

Xiao, H., Jaramillo-Botero, A., Theofanis, P. L. & Goddard, W. A., 01 nov. 2015, En: Mechanics of Materials. 90, p. 243-252 10 p.

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10 Citas (Scopus)

Reaction pathways of GaN (0001) growth from trimethylgallium and ammonia versus triethylgallium and hydrazine using first principle calculations

An, Q., Jaramillo-Botero, A., Liu, W. G. & Goddard, W. A., 26 feb. 2015, En: Journal of Physical Chemistry C. 119, 8, p. 4095-4103 9 p.

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27 Citas (Scopus)

The atomistic origin of the extraordinary oxygen reduction activity of Pt₃Ni₇ fuel cell catalysts

Fortunelli, A., Goddard, W. A., Sementa, L., Barcaro, G., Negreiros, F. R. & Jaramillo-Botero, A., 01 jul. 2015, En: Chemical Science. 6, 7, p. 3915-3925 11 p.

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58 Citas (Scopus)

Ultraviolet surface plasmon-mediated low temperature hydrazine decomposition

Peng, S., Sheldon, M. T., Liu, W. G., Jaramillo-Botero, A., Goddard, W. A. & Atwater, H. A., 12 ene. 2015, En: Applied Physics Letters. 106, 2, 023102.

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11 Citas (Scopus)

2014

Adaptive accelerated ReaxFF reactive dynamics with validation from simulating hydrogen combustion

Cheng, T., Jaramillo-Botero, A., Goddard, W. A. & Sun, H., 02 jul. 2014, En: Journal of the American Chemical Society. 136, 26, p. 9434-9442 9 p.

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58 Citas (Scopus)

CCl radicals as a carbon source for diamond thin film deposition

An, Q., Cheng, M. J., Goddard, W. A. & Jaramillo-Botero, A., 06 feb. 2014, En: Journal of Physical Chemistry Letters. 5, 3, p. 481-484 4 p.

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6 Citas (Scopus)

General multiobjective force field optimization framework, with application to reactive force fields for silicon carbide

Jaramillo-Botero, A., Naserifar, S. & Goddard, W. A., 08 abr. 2014, En: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 4, p. 1426-1439 14 p.

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118 Citas (Scopus)

2013

Highly shocked polymer bonded explosives at a nonplanar interface: Hot-spot formation leading to detonation

An, Q., Goddard, W. A., Zybin, S. V., Jaramillo-Botero, A. & Zhou, T., 19 dic. 2013, En: Journal of Physical Chemistry C. 117, 50, p. 26551-26561 11 p.

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94 Citas (Scopus)

2012

Development of a ReaxFF reactive force field for ettringite and study of its mechanical failure modes from reactive dynamics simulations

Liu, L., Jaramillo-Botero, A., Goddard, W. A. & Sun, H., 19 abr. 2012, En: Journal of Physical Chemistry A. 116, 15, p. 3918-3925 8 p.

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92 Citas (Scopus)

Electron dynamics of shocked polyethylene crystal

Theofanis, P. L., Jaramillo-Botero, A., Goddard, W. A., Mattsson, T. R. & Thompson, A. P., 22 mar. 2012, En: Physical Review B - Condensed Matter and Materials Physics. 85, 9, 094109.

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15 Citas (Scopus)

Hypervelocity impact effect of molecules from enceladus' plume and titan's upper atmosphere on NASA's cassini spectrometer from reactive dynamics simulation

Jaramillo-Botero, A., An, Q., Cheng, M. J., Goddard, W. A., Beegle, L. W. & Hodyss, R., 21 nov. 2012, En: Physical Review Letters. 109, 21, 213201.

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25 Citas (Scopus)

Nonadiabatic study of dynamic electronic effects during brittle fracture of silicon

Theofanis, P. L., Jaramillo-Botero, A., Goddard, W. A. & Xiao, H., 23 ene. 2012, En: Physical Review Letters. 108, 4, 045501.

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29 Citas (Scopus)

Predicted optimum composition for the glass-forming ability of bulk amorphous alloys: Application to Cu-Zr-Al

An, Q., Samwer, K., Goddard, W. A., Johnson, W. L., Jaramillo-Botero, A., Garret, G. & Demetriou, M. D., 01 nov. 2012, En: Journal of Physical Chemistry Letters. 3, 21, p. 3143-3148 6 p.

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35 Citas (Scopus)

2011

Elucidation of the dynamics for hot-spot initiation at nonuniform interfaces of highly shocked materials

An, Q., Zybin, S. V., Goddard, W. A., Jaramillo-Botero, A., Blanco, M. & Luo, S. N., 07 dic. 2011, En: Physical Review B - Condensed Matter and Materials Physics. 84, 22, 220101.

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105 Citas (Scopus)

Andres Jaramillo Botero

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