El semillero de investigación Aquasistemas tiene como objetivo fomentar el estudio científico y la cultura investigativa en ecosistemas acuáticos, tanto dulceacuícolas como marino-costeros. Está abierto a proyectos que los estudiantes propongan y desarrollen con la guía de profesores tutores y compañeros. Además, se pueden vincular a proyectos existentes. El enfoque es tanto práctico (en campo) como teórico. Además de las actividades investigativas, el semillero también realiza actividades de divulgación, organizadas a través de diferentes comités para una mejor coordinación. Cada semestre los estudiantes activos formulan un coronograma junto con el profesor con las actividades que se realizarán.