Desarrollo de un sistema diagnóstico colombiano para la detección y cuantificación de SARS-CoV-2 validado con la prueba estándar de oro

Project: Research

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Description

El diagnóstico actual de SARS-CoV2 se realiza a partir de hisopados nasofaríngeos dando resultados positivos o negativos y un estimado de carga viral, a partir de la amplificación por RT-PCR (prueba de oro) en tiempo real de acuerdo con unos blancos específicos del virus. Con esta técnica, para la toma de la muestra se requiere de: 1. personal de la salud entrenado y capacitado, 2. las muestras son dispuestas en medios de transporte viral, que incrementa el riesgo de infección al personal responsable de su manipulación por la exposición de aerosoles contaminantes, 3. para el paciente el procedimiento de toma de muestra es invasivo, doloroso y molesto, 4. el manejo de la muestra requiere temperaturas estrictas de 2 a 8°C hasta su llegada al laboratorio, 5. una vez la muestra está en el laboratorio se requiere de una adecuada manipulación bajo estrictas condiciones de bioseguridad para evitar que el personal que la procesa resulte infectado, ya que se inicia con la inactivación del virus y posterior extracción de RNA viral (kit comercial #1). Para esta prueba para la detección del virus se requiere de un proceso de retrotranscripción (kit comercial #2) y posterior amplificación por PCR en tiempo real (kit comercial #3) de al menos dos blancos moleculares, uno para confirmar calidad de la muestra (garantiza que el material biológico recolectado es suficiente, adecuado y bien transportado) y el segundo para detectar de manera específica el virus SARS-CoV2. Adicionalmente, es bien sabido que el virus está cambiando continuamente, por lo cual es necesario rediseñar primers y sondas que lo detecten, ya que el protocolo que actualmente se utiliza fue diseñado hace un poco más de un año y por estas razones puede llevar a falsos negativos. Finalmente, el resultado de la prueba de oro permite discriminar entre resultado positivo o negativo además de ofrecer un estimado de carga viral no cuantitativo al no contar con estándares de carga viral que se ve afectada por la cantidad de material biológico recolectado (alta variabilidad). Varios reportes sobre la prueba estándar de oro demuestran baja confiabilidad en los ensayos, puesto que, aunque la mayoría de los pacientes positivos para el virus, transcurridos en promedio 14 días presentan resultados negativos, en algunos casos pueden volver a dar positivo en la prueba. Explicaciones para estos hallazgos no claros, pueden obedecer a reactivación del virus, re-infección, fallas en la toma, preservación y transporte de la muestra, restos de RNA en la mucosa de los pacientes y no optimización adecuada de la PCR.
StatusFinished
Effective start/end date01/11/2130/04/23